Agentliyin mərkəzi aparatı Bakı şəhərində, Səməd Vurğun küçəsi 135 ünvanında yerləşir. Qurumun strukturu aşağıdakı vahidlərdən ibarətdir:
Facebook·AR Maliyyə Nazirliyinin yanında Dövlət Xəzinədarlığı Agentliyi dovlet xezinedarligi agentliyi
Azərbaycan Respublikasının Maliyyə Nazirliyi yanında , ölkənin maliyyə sistemində mərkəzi rol oynayan, dövlət büdcəsinin kassa icrasını və maliyyə əməliyyatlarının uçotunu həyata keçirən əsas qurumdur. 2025-ci ilin dekabr ayında imzalanan fərmanla agentliyin statusu təkmilləşdirilərək nazirlik tabeliyində olan müstəqil agentliyə çevrilmişdir. Agentliyin Əsas Vəzifə və Funksiyaları Agentliyin mərkəzi aparatı Bakı şəhərində
: Dövlət büdcəsinin gəlir və xərclərinin kassa icrasını həyata keçirmək və maliyyə əməliyyatlarının dəqiq uçotunu aparmaq. ölkənin maliyyə sistemində mərkəzi rol oynayan